Di antara perkara penting yang perlu diberi perhatian di dalam pembajaan tanaman padi ialah kadar dan masa pembajaan dilakukan. Bagi tanaman secara tabur terus, kadar baja yang digunakan ialah 100 N : 40 P2O5 : 30 K2O bagi semua kawasan. Bagi tanaman secara mengubah, kadar 80 N : 30 P2O5: 20 K2O telah disyorkan bagi kawasan pantai barat dan kadar 80 N : 40 P2O5 : 20 K2O bagi kawasan di pantai timur. Bagi kaedah mengubah, baja urea digunakan pada peringkat semaian iaitu sebanyak 45-50 g/meter persegi pada 15 hari selepas benih ditabur. Baja yang digunakan di dalam skim baja subsidi ialah baja campuran dan baja urea.

Pengambilan baja oleh tanaman juga bergantung kepada tahap kesuburan tanah termasuk faktor fizikal dan kimia tanah bagi sesuatu kawasan. Masa membaja bergantung kepada varieti padi, cara menanam dan musim penanaman. Pada kebiasaannya, pembajaan tanaman padi dilakukan secara menabur secara manual dan jarak taburan setiap lemparan ialah tiga meter. Pembajaan di sawah dilakukan sebanyak 3 kali untuk cara mengubah dan tabur terus. Untuk kedua-dua kaedah tanaman ini, pembajaan pertama terdiri dari baja campuran NPK manakala baja kedua dan ketiga ialah baja N sahaja.